Exoma completo: revisar o examinar la información genética asociada

El exoma completo contribuye al diagnóstico preciso de enfermedades raras y genéticas.

¿Qué es el exoma completo?

El exoma completo es el examen que analiza todas las regiones codificantes del genoma humano, con el objetivo de identificar variantes que puedan estar relacionadas con la enfermedad del paciente.

El ADN humano está compuesto por 46 cromosomas (23 del padre y 23 de la madre) que almacenan toda la información genética referente a ese individuo, desde sus características físicas, perfil metabólico, hasta la presencia de variantes que provocan enfermedades genéticas y hereditarias.

Cada cromosoma es una hebra de ADN en formato de doble hélice que, cuando está muy condensada, tiene la forma de una “X”. Esta hebra de ADN está compuesta por una secuencia de letras A, C, T, G, que son compuestos orgánicos, llamados bases nitrogenadas, donde A es adenina, T es timina, C es citosina y G es guanina. En total, el ADN humano tiene 3200 millones de pares de bases, es decir, 3200 millones de letras distribuidas a lo largo de los cromosomas.

Las hebras de ADN tienen regiones codificantes y regiones no codificantes. Las regiones codificantes, llamadas exones, son funcionales y permiten la transcripción de proteínas. En total, hay 180.000 exones que constituyen 22.000 genes. El conjunto de todos los exones del ADN se denomina Exoma; Las regiones no codificantes participan en la regulación y control de la expresión génica. El conjunto de regiones codificantes y no codificantes conforman el ADN, denominándose genoma humano.

Es común que esta secuencia de letras presente alguna variante. En promedio, cada persona tiene 40.000 variantes en su ADN. Estas variantes no son patológicas y no traen ningún daño a su salud, solo hacen que cada persona sea diferente entre sí. Sin embargo, existen ciertas variantes que pueden dar lugar a síndromes patológicos y cuadros clínicos.

El rol del Exoma Completo es secuenciar todas las letras del exoma, identificando variantes que pueden ser patológicas y relacionadas con la condición clínica del paciente, contribuyendo a un diagnóstico certero.

¿Para qué sirve la secuenciación del exoma completo?

El exoma es el conjunto de todas las regiones codificantes (exones) del ADN humano. Aunque el exoma representa solo el 1,5% del genoma humano, esta pequeña cantidad es extremadamente importante, ya que la gran mayoría de las enfermedades genéticas están relacionadas con mutaciones en los exones.

La secuenciación del exoma completo es una prueba genética muy compleja que secuencia y analiza 180 000 exones en casi 22 000 genes. Su objetivo es buscar variantes que puedan estar asociadas a la condición clínica del paciente, contribuyendo al diagnóstico certero de enfermedades raras y genéticas.

Enfermedades genéticas asociadas a cambios en el exoma

El exoma representa sólo el 1,5% del ADN total. Sin embargo, esta pequeña cantidad es de gran importancia, ya que es responsable del 85% de las mutaciones patológicas. De esta forma, no es necesario elegir un solo gen diana, ya que con este único test es posible secuenciar todos los exones, en casi 20.000 genes. La secuenciación del exoma completo puede contribuir a un diagnóstico preciso y una dirección asertiva para el tratamiento de:

· Síndromes genéticos sin hipótesis diagnóstica;
· Enfermedades genéticas que pueden ser causadas por diferentes genes;
· Cuadros inespecíficos de errores congénitos del metabolismo;
· Un conjunto de síntomas múltiples sin una hipótesis diagnóstica.

Además, este examen está indicado para:

· Pacientes con un fenotipo o antecedentes familiares que sugieran una fuerte etiología genética, pero sin resultados concluyentes;
· Pacientes que tengan una enfermedad genética definida pero con un alto grado de heterogeneidad genética (múltiples genes), haciendo del análisis una prueba más práctica;
· Pacientes que tienen un trastorno genético probable pero otras pruebas genéticas han sido negativas o no concluyentes.

¿Cuál es la diferencia entre el exoma completo y las otras pruebas?

Las variantes genéticas son muy diferentes entre sí. Hay aquellos que son más estructurales, que implican la duplicación o eliminación de cromosomas completos; están los que son más pequeños, que implican deleciones o inserciones de pequeños tramos de un cromosoma, y los que son puntuales, que implican el intercambio de una sola letra (par de bases) en el cromosoma.

Asimismo, las pruebas genéticas se diferencian, pudiendo identificar mutaciones mayores o menores. Actualmente, no existe una prueba única capaz de detectar todos los tipos de mutación. Cada examen se centrará en rastrear el “tamaño” de una mutación:

· Las pruebas citogenéticas son capaces de identificar las principales alteraciones cromosómicas.
· Los exámenes de MicroArray pueden identificar mutaciones menores, que involucran pequeños tramos de un cromosoma.
· Las pruebas de secuenciación de ADN pueden identificar mutaciones puntuales de una sola letra.

La gravedad de un síndrome no está relacionada con el tamaño de la región afectada por la mutación. Las mutaciones que involucran una sola letra pueden causar síndromes tan complejos como las mutaciones que involucran grandes alteraciones cromosómicas. Por lo tanto, no existe una prueba genética mejor o más importante que otra. Existe la prueba genética más adecuada para cada caso clínico.

Dado el escenario de cada paciente, considerando síntomas, características y antecedentes familiares, el genetista identificará las mutaciones patológicas que pueden estar asociadas a esa condición clínica, y solicitará la prueba más adecuada para confirmar esa hipótesis.

Para el escenario de secuenciación NGS, Dasa Genómica ofrece los exámenes Full Exome y Full Genome. La diferencia entre ellos radica en la región estudiada y el número de genes evaluados:

Exoma completo: secuencia 180 000 exones, evaluando casi 20 000 genes.

Genoma completo: secuencia todo el genoma humano, evaluando todos los exones y las regiones no codificantes del ADN.

Además, Dasa Genómica ofrece pruebas que permiten al médico estandarizar un panel específico de genes según las necesidades y requerimientos del especialista:

· Secuenciación de un solo gen por NGS: secuencia un solo gen.
· Panel multigenético personalizado (NGS): secuencia genes específicos.

¿Cuál es la metodología del examen completo del exoma?

El exoma completo se puede realizar utilizando una muestra de sangre o saliva. La metodología utilizada en el examen es Next Generation Sequencing (NGS):

· El ADN se extrae de la muestra biológica (sangre o saliva);
· La biblioteca se prepara mediante el método de enriquecimiento, seguido de la captura del objetivo;
· La biblioteca se somete a secuenciación de próxima generación (NGS). La región objetivo incluye el ADN codificante (CDS) y los sitios de empalme, con una cobertura vertical promedio de 100x;
· El análisis bioinformático se realiza mediante una plataforma previamente validada, basada en una versión actualizada del genoma humano, pudiendo detectar variantes de base única (SNVs) y pequeñas inserciones y deleciones (indels);
· La selección de los genes analizados y la interpretación están guiadas por la orden médica y la información clínica reportada;
· La clasificación y la interpretación de las variantes identificadas reflejan el conocimiento científico actual y pueden cambiar a medida que se disponga de nuevos datos científicos.

Precios y tasas del examen

Dasa Genomica es el laboratorio de genómica especializado en medicina de precisión. Utiliza recursos tecnológicos de última generación y de última generación que permiten un diagnóstico asertivo. Los exámenes son realizados por un equipo integrado, formado por genetistas, bioinformáticos, especialistas en biología molecular y cito